Pergunta antiga, mas dizendo isso para qualquer um que possa ter o mesmo problema que eu tive:
No Ubuntu 16.04 (e provavelmente em outros sistemas systemd) os upgrades não assistidos não são mais acionados pelo cron. Em vez disso, usa temporizadores systemd.
Para modificar o (s) tempo (s) de execução e o atraso aleatório, você precisa modificar / substituir os temporizadores. Mais informações podem ser encontradas aqui: link