Executar ntpdate de um cronjob ajustará a hora do sistema toda vez que for executado, mas isso não significa que seu sistema está "NTP sincronizado" (o relógio pode alternar entre as sincronizações periódicas) e o kernel não será automaticamente sincronizar o RTC.
Existe algum motivo específico pelo qual você está executando ntpdate de um cronjob em vez de executar ntpd ? ntpd manterá um tempo muito mais preciso, terá mais verificação de erros (para que um servidor de horário errôneo não cause caos para você) e disciplina a frequência de clock do sistema para compensar o desvio do oscilador.
Adicionalmente, ele irá reportar o "status sincronizado NTP" para o kernel, o qual irá então periodicamente configurar o hwclock.
Na página ntpdate man:
ntpdate can be run manually as necessary to set the host clock, or it can be run from the host startup script to set the clock at boot time. This is useful in some cases to set the clock initially before starting the NTP daemon ntpd. It is also possible to run ntpdate from a cron script. However, is important to note that ntpdate with contrived cron scripts is no substitute for the NTP daemon, which uses sophisticated algorithms to maximize accuracy and reliability while minimizing resource use. Finally, since ntpdate does not discipline the host clock frequency as does ntpd, the accuracy using ntpdate is limited.
Em geral, é melhor usar ntpd para manter seu relógio sincronizado, a menos que você tenha um motivo específico para isso (por exemplo, um sistema remoto ou isolado em que a transferência de dados é muito cara).