Os arquivos em /usr/lib/jni foram todos instalados por vários pacotes do Ubuntu e podem ser restaurados por meio da reinstalação desses pacotes. Você pode reinstalar um pacote com um comando como:
sudo apt-get install --reinstall <packagename>
em que <packagename> é o nome do pacote que você deseja reinstalar.
Descobrir quais pacotes você precisa reinstalar pode ser um pouco complicado, porque parece que vários pacotes instalam arquivos em /usr/lib/jni . Provavelmente você pode ter uma ideia aproximada dos pacotes a serem reinstalados com este comando:
dpkg -l | grep jni
Isso listará os pacotes que você instalou com jni em seus nomes. Eu começaria reinstalando cada um desses pacotes e verificando se isso resolve o problema.