Respondido em um comentário e aprovado como uma correção pelo OP:
O Tomboy pode ser iniciado com
tomboy --note-path /some/path
e pegar notas de lá. Mas os nomes dos arquivos ficarão assim:109629e3-e99c-4db2-8776-ad6a7fc3adc8.note
e não é recomendado editá-los manualmente.