EDITED: esqueci de escapar duas vezes o \ r na linha sed
qualquer um deles deve funcionar para você
for i in $(find . -type d -name '*\r'); do mv "$i" "$(echo $i | sed -e 's/\r//g')"; done
find . -type d -name '*\r' -exec mv "{}" "$(echo {} | sed -e 's/\r//g')" \;
isto irá encontrar todos os diretórios chamados * $ \ r em seu diretório atual
ele irá então mv
(renomear) para o mesmo nome menos o \ r