Eu tentei desinstalar e reinstalar as instalações do Java várias vezes, mas nada mudou, ele só detectaria o aplicativo java gij ou nada, quando ele fosse removido. Então, a seguinte solução fez isso por mim.
Eu adicionei o PPA Webupd8 à minha lista de repositórios e, a partir deles, instalei o aplicativo chamado 'atualização Java'. Após a instalação eu corri ele update-java do terminal, ele foi procurar o java que eu tinha instalado, encontrei e depois em uma GUI me pediu para escolher qual deles definir como padrão. Depois de fazer isso eu corri a versão java do terminal para confirmar.
Posso confirmar que está funcionando novamente e parece estar configurado corretamente.