O SysLinux / IsoLinux é uma opção aceitável e popular para iniciar mídias ópticas compatíveis com El Torito.
Mas se as suas necessidades não são padronizadas, a solução mais flexível é definitivamente o GRUB (não fica mais flexível do que isso sem ser um sistema operacional completo). É também o menos fácil de fazer um carregador El Torito, mas isso pode ter mudado no GRUB 2. Já faz um tempo desde que eu verifiquei.
Eu não uso o LILO desde a idade das trevas, e não tenho certeza se ele tem um bootstrap em El Torito.