Esta é a mesma pergunta que fiz quando voltei, então não estou aceitando isso, mas tive que colocar
xterm*metaSendsEscape: true
URxvt*altSendsEscape: true
em .Xresources
para fazer Alt funcionar como Meta no xterm e no urxvt. É um pouco contraditório, mas funciona. Então experimente essas opções. Além disso, eu tive que colocar
xrdb ~/.Xresources
em .xinitrc
para funcionar.
Edit: Minha pergunta: comandos do Emacs no xterm