Como apontado em uma resposta a uma questão relacionada, a documentação do wget diz:
Note, too, that query strings (strings at the end of a URL beginning with a question mark (‘?’) are not included as part of the filename for accept/reject rules, even though these will actually contribute to the name chosen for the local file. It is expected that a future version of Wget will provide an option to allow matching against query strings.
Você provavelmente terá que usar uma ferramenta diferente, como pavuk ou httrack . Esses dois programas fornecem filtragem de nome mais robusta que a do wget.
Como alternativa, você pode baixar o diretório usando o wget e filtrá-lo depois.
find . -name '*\?' -delete
# Here is a less dangerous pattern that matches the string you provided more closely:
find . -name '*\??=?;?=?' -delete