Pode ser que o próprio sistema de arquivos esteja corrompido e um fsck seja necessário. Infelizmente, fsck no Linux (que eu suponho que você esteja usando - corrija-me se eu estiver errado) é provavelmente apenas um link para a ferramenta ntfs ntfsfix, que não é uma ferramenta muito útil.
Nesse caso, para verificar, recomendo usar sua cópia do Windows (que, novamente, é uma suposição, mas não há muitas outras razões para usar o NTFS) e executar o chkdisk nele.