Suponho que você está vendo "visualizações" em vez de ícones.
O Nemo possui três visualizações: visualização de ícones, visualização de lista e visualização compacta.
Por padrão, nas exibições de ícones e listas, para arquivos em seu disco local, o Nemo mostrará as visualizações do documento em vez de um ícone para o aplicativo associado. Para arquivos em um sistema de arquivos remoto e na visualização compacta, você verá o ícone do aplicativo.
Use as Preferências de edição e, em seguida, a guia Visualizar para alterar essa configuração.