Esse guia sugere que você use 'alien' para instalar o mysql. Mas os binários do RPM usam um caminho de soquete diferente das bibliotecas do cliente mysql que o phpmyadmin acaba dependendo.
A menos que você tenha um motivo específico para atualizar para o mysql-5.5, é melhor usar o pacote mysql-server
dos arquivos do Ubuntu e conectar-se a ele. 5.5.20 está no Ubuntu preciso, então quando você atualizar para 12.04, você deve obter 5.5 então.