Você pode ver se a janela está escondida em algum lugar usando o comando wmctrl
para listar as janelas conhecidas na sua instância do X11.
Exemplo
$ wmctrl -l
0x02600007 -1 greeneggs.bubba.net Desktop
0x01a0005d 0 greeneggs.bubba.net linux - How to pop up "hidden" X application - Unix & Linux Stack Exchange - Google Chrome
0x02a00006 -1 greeneggs.bubba.net saml@greeneggs:~
Se você vir sua janela nesta lista, poderá invocá-la à frente usando a ferramenta de linha de comando xdotool
.
Exemplo
$ xdotool windowactivate '0x01a0005d'
O acima é o ID da janela do comando wmctrl
que mostrei anteriormente.