Se você primeiro tar os arquivos (usando tar cvf my_backup.tar <file list...>
), qualquer ferramenta de compactação fará um bom trabalho, pois eles verão os dados como um arquivo grande.
Portanto, apenas coloque os arquivos e coloque-os em um zip, 7-zip, bzip2, etc. A partir do arquivo tar, você pode tentar o algoritmo de compressão diferente e ver qual deles executa melhor.