Você poderia tentar isto: Abra o seu gnome-shell, digite o layout do teclado e abra-o. Deve haver três guias nessa janela. Clique no da direita que diz "Layouts". Clique no botão "Opções" no canto inferior direito da janela. Você deve ver uma lista com as entradas precedidas por setas. O terceiro abaixo diz "Comportamento da tecla Alt / Win". Clique aqui e ele mostrará uma lista de opções. A penúltima opção é "Meta é mapeada para a esquerda da tecla Win". Escolha este, feche o menu de layouts e ele deve ser desativado.