Eu acho que você deve ser capaz de usar a opção --copy-unsafe-links no rsync para copiar os dados do arquivo onde o link simbólico aponta para fora do espaço da pasta sincronizada, mas envia apenas o link simbólico quando o arquivo apontado também está sendo sincronizado. Isso é, além de --links ( -l , incluído em -a ), para copiar links simbólicos relativos dentro da hierarquia copiada como links simbólicos.
Se isso não estiver bem ajustado, provavelmente será necessário criar uma lista de links que você deseja e não deseja enviar usando find e passá-los como entrada para rsync na forma de include / excluir listas.