Não deve haver um desempenho apreciável por ter blocos não contíguos de PE alocados no mesmo LV, a menos que você esteja fazendo algo realmente maluco, como aumentar muito o seu LV e aumentar um VE muitas vezes (ao mesmo tempo em que faz o mesmo muitos LV's no mesmo VG) - o que causaria uma grande fragmentação.
Dito isto, qualquer sistema de gerenciamento de volume (incluído no LVM) pode tornar possível a fragmentação de leituras que, de outro modo, poderiam ser sequenciais, mas não creio que seja o caso aqui. Se o seu sistema de arquivos estiver em um LV que é composto de apenas duas alocações de extensões não contíguas que são de outra forma contíguas, então definitivamente não causará um problema perceptível (e provavelmente nem mesmo mensurável).
Não é garantido que suas duas alocações para esse LV sejam contíguas, mas elas serão, a menos que seu VG tenha alguma fragmentação de seus PE não alocados. (isso só aconteceria com a adição e remoção frequente de LV's ao mesmo VG)
Se for barato fazê-lo, você pode considerar a desfragmentação do seu LV fazendo um backup em nível de arquivo e reconstruindo o VG subjacente dos PVs-on-up.