Eu vejo dois problemas em potencial.
Seu limite pode não se aplicar ao phpuser
phpuser
pode ignorar seu novo limite porque pode não usar o PAM para "fazer login", portanto, /etc/security/limits.conf
não se aplicaria. Veja esta resposta para mais detalhes.
O limite total do sistema é atingido
Você está mudando os limites dos processos dos usuários. O kernel também possui um limite de todo o sistema para o número de identificadores de arquivos abertos.
Isso pode ser seu problema. Você pode verificar o valor assim:
$ sysctl fs.file-max
$ sysctl fs.file-nr
By padrão , arquivo-máximo deve ser 10% da memória do seu sistema disponível em kB , que pode não ser um número muito grande: 4 GB de RAM ~ 400000 arquivos abaixo do limite que você está tentando definir.
O documentação diz:
The three values in file-nr denote the number of allocated file handles, the number of allocated but unused file handles, and the maximum number of file handles. Linux 2.6 always reports 0 as the number of free file handles -- this is not an error, it just means that the number of allocated file handles exactly matches the number of used file handles.