Como explicado nos comentários, tive um problema semelhante, com o qual lidamos com um script, que mostro aqui, na esperança de que isso possa ajudar:
#!/bin/bash
#
# autocrop an image, shot by 'import', where an imageoffset is (why, oh, why?)
# allways annoyingly produced
#
f= || exit 1
img=$(identify $f) || exit 2
size=$(echo $img | cut -d ' ' -f3) || exit 3
offset=$(echo $img | sed 's/[^+]*+//;s/ .*//g') || exit 4
convert $f -crop $size+$offset +repage autocrop-$(basename $f) || exit 5
Produz um novo arquivo - de screenshot-1.png a autocrop-screenshot-1.png. Renomear o arquivo inicial para uncropped-screenshot-1.png seria mais confortável - uma possível melhora.