Sem aprofundar muito nisso, os nomes das regras headers_install e modules_install parecem bastante autoexplicativos - headers_install instala os cabeçalhos do kernel e modules_install instala os módulos.
Isso faz sentido, já que abrange as coisas que não são compiladas no kernel. Muitas distribuições fornecem um pacote separado para os cabeçalhos do kernel, uma vez que estes geralmente são necessários apenas quando um módulo do kernel é construído (alguns pacotes constroem seus próprios quando instalados). Geralmente, os arquivos de cabeçalho irão para /usr/src . Os próprios módulos também precisam ser colocados em algum lugar onde o sistema possa encontrá-los, e é isso que a instalação fará (a localização usual é /lib/modules ).