Quando eu fiz coisas desse tipo no passado, a maneira que realizei foi ter vários arquivos /etc/X11/xorg.conf
. Em seguida, em /etc/rc.local
(ou equiv), detecte suas condições ao inicializar e copie o arquivo correto antes que o servidor X seja iniciado.
No final, porém, eu não vou mais nessa rota. É muito mais fácil fazer os hacks xrandr / gui-config dinâmicos hoje em dia, porque eles permitem que você faça isso dinamicamente, não apenas no momento da inicialização e até mesmo quando você conecta e desconecta os monitores ao vivo. Não há configurações do xorg.conf que se refiram a conexões dinâmicas, por exemplo.
[oh, e eu geralmente recomendo que você não execute o seu laptop com a tampa fechada. Não esfria bem e, a longo prazo, você provavelmente se deparará com problemas de dano por calor]