Você pode clicar com o botão direito do mouse em um e-mail para criar um memorando a partir dele no Evolution . Não é exatamente o que você quer, mas, exceto pelo Ooutlook, não conheço nenhum cliente de e-mail que suporte comentários em e-mails.
Você também pode verificar esses addons para o Thunderbird :
De acordo com um e-mail tomboy também pode vincular notas e tarefas aos e-mails que você recebeu (veja Addins - > Evolution).
Todas as soluções não têm o destaque de que você precisa.
Como os comentários e o destaque nos e-mails seriam um recurso razoável e útil, você poderia sugerir sua integração na evolução.