Você pode verificar se consegue inicializar a partir do grub no modo de usuário único? Experimente o modo de recuperação do Linux e veja se você pode fsck todas as partições.
Além disso, tente atualizar o arquivo initrd, já que o hardware foi alterado. Entre no modo de usuário único / modo de recuperação a partir do grub e no shell, monte o sistema de arquivos raiz e execute o seguinte
# cp /boot/initrd-2.6.16-1.2129_FC5.img /boot/initrd-2.6.16-1.2129_FC5.img-original
# mkinitrd -fv --preload=ehci-hcd --preload=usb-storage --preload=scsi_mod --preload=sd_mod /boot/initrd-2.6.16-1.2129_FC5.img 2.6.16-1.2129_FC5
Atualize também o arquivo de configuração do grub (menu.lst ou grub.conf) e certifique-se de que o arquivo correto seja referenciado nas sub-rotinas de inicialização.