Não, suas alterações não estarão no novo initrd. Os pacotes de kernel do CentOS têm um post-script que executa /sbin/new-kernel-pkg --package kernel --mkinitrd --depmod --install 2.6.18-238.1.1.el5
(um exemplo do kernel do RHEL5 que eu instalei).
O comando executará o mkinitrd, que criará um novo initrd, e as alterações que você fez no initrd anterior não serão criadas nele, a menos que você também tenha alterado o script mkinitrd ou seus arquivos (ou você corrigiu o nash ou algo assim).