Eu tive exatamente o mesmo problema, mas encontrei uma solução diferente que não tem as desvantagens da sua solução proposta. Descobri que havia uma coluna não usada de 2 pixels de largura no lado esquerdo do meu arranjo, então ao invés de mudar a tela direita para a direita, eu mudei a tela esquerda (interna) para a esquerda, cobrindo aquela coluna não utilizada. Tudo está bem agora. Aqui está como meus scripts se parecem:
xrandr --output VGA-0 --off --output LVDS --mode 1366x768 --pos -2x312 --rotate normal --output HDMI-0 --primary --mode 1920x1080 --pos 1366x0 --rotate normal
Observe o -2 no primeiro
--posargument.