O Gentoo é uma distribuição do Linux que compila pacotes de fontes. A compilação de pacotes requer muito mais espaço do que a instalação de binários pré-compilados (isto é, binários que são compilados nas máquinas dos mantenedores de distribuição). Quando você instala algo das fontes, também precisa das fontes para todas as dependências de compilação.
Quase todas as outras distribuições, em vez disso, baixam binários já compilados para essa distribuição.
Para dar um exemplo, o navegador Chromium no Linux Mint (baseado no Ubuntu) leva apenas 44MB de espaço no disco, em vez de 5GB que irá assumir o sistema do "desenvolvedor" do Mint que mantém este pacote e compila o binários atualizados para os "usuários" do Mint.
Se você tem restrições de espaço em disco, talvez você possa testar uma distribuição Linux diferente que fornece binários pré-compilados (CentOS, Ubuntu, Mint, etc) (também, com outra distribuição você instalará e atualizará pacotes mais rápido e mais fácil, precisa ser recompilado a cada vez!).