Se você acha que são algumas configurações de preferências do usuário, então você pode criar um novo usuário "temp", entrar como um "temp" e ver se está tudo bem.
Você também pode tentar xrandr --auto .
Usando a unidade 11.04. Eu tenho um monitor secundário (na verdade dois, um em casa, um no trabalho). A configuração do monitor doméstico duplo funciona perfeitamente (monitor Viewsonic). No trabalho, tenho um comportamento muito problemático, como o fantasma de aplicativos em tela cheia, quando maximizado, e outros efeitos estranhos. Eu gostaria de tentar redefinir completamente as configurações do monitor (não unidade ou compiz), antes de fazer qualquer outra coisa. Em 10.10 isso seria realizado:
dpkg-reconfigure xserver-xorg
Se você acha que são algumas configurações de preferências do usuário, então você pode criar um novo usuário "temp", entrar como um "temp" e ver se está tudo bem.
Você também pode tentar xrandr --auto .