Se os resultados da sua pesquisa retornarem caminhos sem espaços, você poderá usar xargs da seguinte forma:
locate my.cnf | xargs grep user
No entanto, você deve ter o hábito de se proteger para lidar com casos em que um caminho ou nome de arquivo possa conter um espaço dizendo xargs para usar null como separador e informando locate (ou qualquer programa que você seja usando para retornar strings) para também enviar isso como o separador assim:
locate -0 my.cnf | xargs -0 grep user
Isso funcionaria mesmo que seu caminho incluísse espaços em branco como /name with space/my.cnf .