O que provavelmente está acontecendo não é que os arquivos estejam sendo corrompidos, mas que o Linux está fazendo o possível para garantir que os arquivos não estejam corrompidos.
Quando um sistema de arquivos é aberto, gravado e está sendo fechado, o sistema operacional (Windows e Linux) marcará o sistema de arquivos como "sujo", e. g. não está devidamente fechado.
Em circunstâncias normais, quando você desmontar um sistema de arquivos, ele será marcado como limpo, presumindo que todas as solicitações de E / S restantes foram atendidas, o diário do sistema de arquivos (se disponível) está vazio e todo o cache de disco foi sincronizado o disco físico.
Em alguns casos, os utilitários NTFS-3G simplesmente não marcarão o sistema de arquivos como "limpo" para garantir que ele seja verificado pelo Windows na inicialização e evite possíveis danos.
Em suma, o seu hardware provavelmente está bem, embora não seja difícil verificar a integridade do disco rígido a qualquer momento. No que diz respeito a compartilhar dados, recomendo um método de armazenamento baseado em rede. Se um servidor hospedado localmente ou um envio de dados para a nuvem, usando um sistema de arquivos de rede (provavelmente compatível com SMB / CIFS para Windows), os problemas de migração serão facilitados.