Eu realmente não vejo diferença entre copiar muitos arquivos e outras tarefas, geralmente o que torna a linha de comando mais atraente é
- tarefas simples que são triviais o suficiente para você fazer na linha de comando, de modo que usar a GUI seria uma perda de tempo (mais rápido digitar alguns caracteres do que clicar nos menus, se você souber quais caracteres digitar);
- tarefas muito complexas que a GUI não é capaz de fazer.
Há outro benefício que vejo na linha de comando em uma circunstância muito específica. Se você estiver executando uma operação muito longa, como copiar muitos arquivos, e desejar verificar o progresso enquanto estiver conectado à sua máquina remotamente, é conveniente ver a tela de andamento da tarefa. Então é conveniente executar a tarefa em um multiplexador de terminal como Tela ou Tmux. Inicie a tela, inicie a tarefa dentro da Tela e, em seguida, conecte-se à sua máquina com o SSH e anexe-a a essa sessão de tela.