Você pode configurar munin
para monitorar a temperatura da CPU (assim como muitas outras coisas) e representá-las graficamente, por padrão faz amostragem em intervalos de 5 minutos. Pode ser mais do que você quer, pois é realmente para monitorar um monte de servidores e tal.
Também concordo com o @Keith, gkrellm
é útil para monitoramento de computadores.