Alguns gerenciadores de janelas têm muita customização para fazer coisas assim, mas outros mais recentes, incluindo metacity e compiz, perderam esse tipo de personalização. Eu costumava usar o fvwm para fazer coisas assim. Uma abordagem independente mais simples do WM seria tentar reatribuir o foco à janela da direita. Veja o link do xdotool. Deve estar disponível no seu repositório de distro. Pode, entre outras coisas, atribuir foco a um Windows específico. Eu suponho que você está executando um script de um terminal que você não quer perder o foco. Se assim for, você deve ser capaz de usar o $ WINDOWID para recuperar o ID da Janela do seu terminal e usar o xdotool no final do script para refocar o seu Terminal.