debootstrap não possui um arquivo de configuração. Você pode definir a variável de ambiente http_proxy para o debootstrap para usar um servidor proxy http para armazenamento em cache.
http_proxy=http://proxy.host:port/ debootstrap …
Você também pode usar algo como approx para configurar um servidor de cache para pacotes debian.
Se você quiser usar o debootstrap com um arquivo de configuração, dê uma olhada no grml-debootstrap que é parte do debian atualmente. Ele permite que você (além de alguns outros recursos) tenha um arquivo de configuração global para todas as chamadas grml-debootstrap .