Uma solução com awk
awk '
NR==1 {split($0,a)}
NR==2 {split($0,b)}
END {for(i=1;i<=NF;i++) printf "%d ", b[i]-a[i]}
' input.txt
dá um resultado de
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Como o awk interpreta strings sem números válidos como 0 durante operações aritméticas, no caso de você querer remover os resultados nos quais o campo de origem contém valores não numéricos, você pode fazer isso adicionando uma condição adicional.
awk '
NR==1 {split($0,a)}
NR==2 {split($0,b)}
END {
for(i=1;i<=NF;i++)
if(a[i] ~ /^[0-9]+$/ && b[i] ~ /^[0-9]+$/)
printf "%d ", b[i]-a[i]
}
' input.txt
dá um resultado de
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