Estou assumindo que estamos discutindo arquivos "regulares", não arquivos de dispositivos ou soquetes de domínio unix ou algo não tão regular assim.
Eu diria que os arquivos têm nomes, metadados e dados.
Isto corresponde diretamente a nomes de arquivos, inodes e blocos.
Acredito que seus dois nomes de arquivos com link físico sejam apenas dois nomes para um único arquivo.
Eu não acredito que sob Unix ou Linux ou * BSD, você pode ter dois inodes referenciando os mesmos blocos de dados sem algum tipo de intervenção muito incomum. Um programa suid poderia potencialmente abrir o arquivo de dispositivo de um disco e manipular dois inodes para apontar para os mesmos blocos de dados, mas eu sinceramente duvido que a situação possa surgir organicamente.