Depende de como npm foi configurado quando foi instalado.
Se npm foi instalado no Debian a partir do pacote que está incluído na distribuição , então, sim, é seguro. npm com a opção global é instalado em /usr/local , que é explicitamente reservado para instalação de software local e não deve entrar em conflito com as próprias instalações da distribuição do sistema operacional.
npm -g é instalado em /usr/local ( /usr/local/lib/node_modules , /usr/local/bin , etc ...) mesmo que npm esteja localizado em /usr/bin como seria se ele próprio fosse instalado a partir de, digamos, um pacote Debian que faz parte da distribuição do SO.
O mais provável é que existam outras distribuições do sistema operacional às quais o acima se aplica.
Por outro lado, no Fedora, npm instala pacotes em /usr/lib/node_modules (não em /usr/local ). Eu não sei se isso é seguro ou não. Depende se algum dos módulos de nodejs do Fedora também vai para /usr/lib/node_modules ou se eles vão para algum outro lugar. Se eles forem para outro lugar, então seria seguro.