Da página do manual:
It is famous for its delta-transfer algorithm, which reduces the amount
of data sent over the network by sending only the differences between
the source files and the existing files in the destination.
Você pode ver isso em ação com um teste:
$ mkdir foo bar
$ echo "a" > foo/a
$ rsync -av --stats foo/ bar/
sending incremental file list
./
a
Number of files: 2 (reg: 1, dir: 1)
Number of created files: 1 (reg: 1)
Number of deleted files: 0
Number of regular files transferred: 1
--> Total file size: 2 bytes
--> Total transferred file size: 2 bytes
...blah blah blah...
Isso estabelece que um rsync inicial envia 2 bytes de dados de diretórios de origem para destino.
Agora adicione um novo arquivo e rsync:
$ echo "b" > foo/b
sending incremental file list
./
b
Number of files: 3 (reg: 2, dir: 1)
Number of created files: 1 (reg: 1)
Number of deleted files: 0
Number of regular files transferred: 1
--> Total file size: 4 bytes
--> Total transferred file size: 2 bytes
...blah blah blah...
Aqui, o rsync vê corretamente que todos os arquivos totalizam 4 bytes, mas apenas 2 precisam ser enviados. Em outras palavras, não sobrescreve o arquivo existente.