Nvidia usa sua própria técnica "TwinView", você tem certeza que realmente usa o Xinerama? Se você fizer isso, experimente-o.
UPD .: lendo man fluxbox
:
session.screen0.toolbar.onhead: <integer> For those that use xinerama, users can set this value to the number of the head where they would like to see the slit and toolbar, starting from 1. Setting this to 0 will ignore xinerama information. Default: 0
Além disso, o AFAIR, o Fluxbox permitiria várias telas X rodando sem Xinerama / TwinView (você não seria capaz de mover janelas através delas, no entanto).
BTW, é acessível com menu: menu do fluxbox → configurar → barra de ferramentas → na cabeça…