O bit sujo é definido e limpo no kernel, ao montar e desmontar um dispositivo; veja o link para a implementação. Não há como acessar esta função fora do kernel, exceto pela montagem e desmontagem ...
Para definir você mesmo, é preciso ajustar o dispositivo diretamente. o byte de estado está no deslocamento 0x25
no setor de inicialização em dispositivos FAT16 e desloca 0x41
em dispositivos FAT32; o bit sujo é bit 0. Veja o link para detalhes.