O que causa isso é mais provável que o backup do arquivo original seja feito pelo editor e, em seguida, o novo arquivo seja gravado para que ele obtenha o ID do grupo atual do usuário. O editor teria que redefinir explicitamente o grupo para o grupo original.
Você pode tentar usar newgrp
para alterar o grupo do usuário que está editando antes de iniciar o PHPStorm:
newgrp www-data