No fundo, a montagem é executada pela raiz de qualquer maneira: somente o root pode chamar a chamada do sistema mount . Programas como mount , pmount e fusermount são setuid root e restringem o que os responsáveis pela chamada não raiz têm permissão para montar.
Se você estiver montando um sistema de arquivos que não implementa a propriedade do arquivo (por exemplo, FAT), o usuário que está chamando mount acabará possuindo os arquivos (a menos que seja substituído por uma opção de montagem). Fora isso, não importa quem faz a montagem.
Não estou dizendo que a montagem como root é a solução certa em seu cenário. Eu não sei qual é o seu cenário. Mas não há risco direto de segurança ao fazer a montagem como root em oposição a outro usuário.