O comportamento que você deseja controlar (como as janelas se comportam) é controlado pelo gerenciador de janelas, que obtém suas informações da extensão XRandR do servidor. Nenhum destes é susceptível de ter quaisquer "ganchos" que permitem alterar qualquer coisa. Isso reduz você a hackear a fonte. Alterar o que o servidor reporta ao gerenciador de janelas parece realmente feio - você quer relatar o que realmente vê em qualquer outro lugar. Isso deixa a edição do gerenciador de janelas (ou contratar outra pessoa para fazer isso, ou pedir upstream para algum suporte). Não deveria ser muito irracional invadir uma caixa especial de eventos RandR para tratar uma resolução de 3940x1080 como dois 1920x1080s. Na verdade, adicionar uma opção de configuração que possa ser aceita pelo desenvolvedor seria mais difícil, é claro.
Então, infelizmente, não consigo pensar em uma solução, a menos que você esteja disposto a mergulhar no código.