A presença dos arquivos .am indica que o projeto deve ser usado com o AutoMake. Eles são os arquivos de origem do AutoMake e os únicos arquivos de "configuração" necessários se você estiver criando um projeto.
Leia GNUMakefile.am para ver como o AutoMake está configurado. De um modo geral, você não precisa fazer isso em muitos casos. O padrão ./configure; make; make install e suas variantes funcionam bem.
O GNU Build Toolchain, também conhecido como autotools , (confira o fluxograma) é muito complexo (e seu uso de M4 não é para os fracos de coração - e para pensar Eu usei uma vez isso para fazer um site). Seus melhores aliados são a documentação. Todas as ferramentas têm páginas de manual, mas a maior parte de sua documentação vem em info páginas (digamos info automake , ou use seu navegador de informações favorito).
Dê uma olhada no tutorial para autotools ou navegue na documentação oficial do automake .