A entrada marcada com * significa a seleção atual. É o padrão apenas no sentido em que você não precisa inserir nada em update-alternatives se não quiser alterá-lo.
O padrão do sistema é sempre auto , o que significa que a configuração será alterada para sempre escolher a alternativa com a prioridade mais alta, determinada pelos mantenedores do pacote. O asterisco que aparece em uma linha manual significa que alguém alterou a alternativa. O sistema não alterará essa escolha, mesmo quando as prioridades estiverem mudando quando as atualizações forem instaladas. Então, sim, o modo manual sempre tem preferência sobre o modo automático. Aparentemente, alguém alterou (manualmente!) A configuração para o java binário, mas a alternativa atual ainda é a mesma que seria escolhida pelo sistema no modo auto , portanto a entrada está aparecendo duas vezes.
Se você preferir permitir que o sistema escolha automaticamente a "melhor" alternativa para o caminho java , selecione 0 aqui. Esteja ciente de que, especialmente, os aplicativos Java podem ser exigentes quanto à implementação e versão usadas, portanto, tenha cuidado com o que você alterar. Os aplicativos Java disponíveis nos repositórios Debian ou Ubuntu, respectivamente, devem sempre ser capazes de executar com o JRE padrão.