Os arquivos alterados por gnome-tweak-tool são ~/.config/dconf/user (este é o banco de dados dconf , um arquivo binário onde a maioria das configurações de usuário são armazenadas) e vários outros arquivos de configuração em ~/.config (todos são arquivos de texto)
Neste caso específico - alterando as configurações de digitação - gnome-tweak-tool altera o xkb-options no banco de dados dconf . É fácil verificar se você monitora o banco de dados com
dconf watch /
e depois abra gnome-tweak-tool e faça CapsLock um Esc adicional, você obterá uma saída como
/org/gnome/desktop/input-sources/xkb-options
['caps:escape']