Como pode ser visto nos seus logs, eu suponho que seus problemas provavelmente se devam a ter inclusões do VirtualBox Guest instaladas em uma máquina KVM VM e ter algum tipo de conflito.
O módulo do kernel vboxdrv
pareceu ser desinstalado e substituído pelos drivers kvm / virtio no pacote antigo, eu acho , e algo que não parecia estar acontecendo no novo para alguma razão.
Como você disse, depois dos logs que você está nos dando, você desinstalou os componentes do Virtual Box.
IMO, você tomou a ação certa. Agora, espere alguns dias para ver se isso acontece novamente.