Seu problema não tem nada a ver com scp. Está relacionado com inotify , a interface do kernel que é usado para acionar uma ação em eventos do sistema de arquivos. E você é aparentemente disparando no evento errado. Leia o página man do incrontab para entender como o sistema funciona.
Se o script de processamento já é acionado quando o arquivo não foi
complete, suponho que você acione o evento IN_CREATE. Você pode mudar o
entrada correspondente no incrontab
para acionar em IN_CLOSE_WRITE.