Uma maneira fácil (e pesada) de fazer isso seria limpar todo o conteúdo do disco. A maneira mais simples de fazer isso seria usar dd
:
$ sudo dd if=/dev/zero of=/dev/<disk> bs=1M count=500000
Quando o comando terminar (talvez uma hora?), todo o seu disco será preenchido com zeros.
Se você está com pressa, você pode matar o processo com Ctl + C depois de alguns segundos / minutos para ver se você limpou dados suficientes para o disco seja considerado em branco.