Encontrei a resposta depois que publiquei um problema no repositório do Oh-My-Zsh. A cor na árvore depende do LS_COLORS , que não é definido pelo Zsh por padrão; mas meu ~/.zshrc definiu a variável depois que eu pressionei a opção "usar configuração padrão", com uma única linha
eval "$(dircolors -b)"
que parece insignificante. Depois de instalar o Oh-My-Zsh, a configuração é movida para ~/.zshrc.pre-oh-my-zsh , então LS_COLORS é perdido novamente e minha árvore fica preta e branca.
Em outras palavras, movi essa configuração de ~/.zshrc.pre-oh-my-zsh de volta para .zshrc e agora estou com minha árvore colorida.