Sed pode fazer muitas coisas além de simples busca e substituição, e isso inclui suporte multilinha.
Aqui está uma postagem no blog sobre como alguém fez isso (ele escreveu um script sedml
para "multiline sed": link
A idéia básica é copiar todo o arquivo para o "buffer de espera" do sed, executar o regex nele e depois escrever o arquivo alterado. No entanto, essa abordagem pode ser um pouco lenta se os arquivos forem grandes, já que você está carregando um arquivo inteiro por vez na memória.